Du vil få lagt en plastikkanyle i en blodåre i handen. Kanylen anvendes til at give dig smertestillende og berolighende medicin i forbindelse med ungersøgelsen. Du kan også vælge at gennemføre undersøgelsen uden at få medicin. Nogle patienter får lavet undersøgelsen i fuld narkose. I så fald har du forinden talt med en narkoselæge om bedøvelse.
Under undersøgelsen skal du ligge på venstre side. Du får en bidering mellem tænderne for at beskytte dine tænder og kikkerten, der bruges til undersøgelsen.
Det kan være ubehageligt at få gastroskopet gennem halsen, men selve gastroskopien gør ikke ondt. Der pusted luft ned i mavesækken under undersøgelsen. Dette kan give let ubehag og tendens til bøvsen.
I forbindelse med undersøgelsen kan der tages vævsprøver. Dette indgreb er smertefrit.