Hvordan tolkes og opbevares NGS data?

MOMA's molekylærbiologer og bioinformatikere bruger avanceret software og deres faglige ekspertise at evaluere de fundne forandringer (varianter) efter internationale standarder.
Genomdata opbevares på sikre, krypterede servere uden personfølsomme data, i papirkopi af det afgivne svar samt i MidtEPJ.

Avanceret Databehandling

Bioinformatisk pipeline og kvalitetskontrol

De rå sekventeringsdata, som er meget store, gennemgår en bioinformatisk pipeline udviklet af MOMAs kliniske bioinformatikere, hvor de bliver trimmet, parret og kvalitetstjekket. Denne proces tager flere timer og foregår på Aarhus Universitets datacenter (genome.au.dk) på sikre servere.

De data, som opfylder vores kvalitetskriterier, bliver bearbejdet med flere bioinformatiske værktøjer. Her identificeres varianter hos den pågældende patient, som er forskellige fra det referencegenom, vi sammenligner prøven med. 

Varianter filtreres

En fil med alle varianter, som er fundet i de undersøgte gener, filtreres i Alissa software (Qiagen) eller VarSeq (Golden Helix), som er godkendt til diagnostisk brug. Kriterier for filtrering er låst fast i et analyse træ og dermed er analysen kvalitetssikret.

Cartagenia variantanalyse

Klik på billedet for en større udgave.

Grafikken viser et analysetræ, hvor 142 input varianter bliver filtreret ned til én sygdomsdisponerende variant i genet COL2A1. Der er sket et heterozygot baseskift fra C til T som fører til et aminosyreskift fra arginin til cystein på position 904 i proteinet collagen type 2. Denne variant er kendt fra litteraturen og resulterer i sygdommen Sticklers syndrom.

Variant interpretation

Til sidst undersøges typisk en håndfuld varianter nærmere for deres betydning i den pågældende sygdom og/eller familie efter internationale retningslinjer (se MOMAs instruks). 
Vi bruger forskellige internationale mutationsdatabaser som reference (HGMD, LOVD m.fl.), in-silico programmer til forudsigelse af effekten af en variant på proteinets funktion, variantens hyppighed i forskellige etniske befolkningsgrupper (f.eks. Alamut) samt videnskabelig litteratur (PubMed) og vores mangeårige faglige ekspertise på området.

Kopinummer variation (CNV)

Der udføres kopinummer variationsanalyse (CNV) på samtlige gener, der bestilles, inklusive gener på X- eller Y-kromosomet.

CNV analyserne laves på NGS data med programmerne ExomeDepth og Delly2.
CNVer fundet med ExomeDepth/Delly vil blive verificeret med MLPA hvor muligt.

Undtagelse

For PMS2 genet udføres både MLPA og ExomeDepth/Delly rutinemæssigt. 

Rapportering

De fundne varianter inddeles i 5 kategorier:

  • (5) sygdomsdisponerende (pathogenic)
  • (4) formodet sygdomsdisponerende (likely pathogenic)
  • (3) variant af ukendt betydning (VUS)
  • (2) formodet godartet (likely benign)
  • (1) godartet (benign)

MOMA udskriver en rapport, hvor de tre første kategorier af varianter rapporteres.

Data opbevares på sikre servere i mindst 10 år, hvis der foreligger samtykke. Ligeledes efter samtykke indgår patientens data i en anonym genom database fra mange hundrede danskere, som gør det lettere at finde sygdomsdisponerende forandringer hos andre.

Hvis flere af patientens gener skal undersøges indenfor kort tid kan vi re-analysere eksisterende sekvensdata uden at der skal afgives en ny blodprøve.

Læs mere om svarafgivelse og svartider.