Nogle børn med medfødte hjertesygdomme har i det daglige behov for medicinsk behandling.

Der drejer sig hyppigst om medikamenter, som styrker hjertefunktionen, stoffer som stabiliserer hjerterytmen, præparater der nedsætter blodtrykket og forskellige former for blodfortyndende medicin, men også andre præparater kan komme på tale.