I 1990 besluttede Sundhedsstyrelsen at oprette en cystisk fibrose centerfunktion i Aarhus. Anledningen var det stigende antal patienter og ønsket om, at alle patienter kunne modtage centraliseret behandling inden for en rimelig afstand fra hjemmet.
Centret har hele tiden geografisk været tilknyttet Aarhus Universitetshospitals børneafdeling, som i 1996 flyttede til Skejby Sygehus.
Fra april 2007 blev Infektionsmedicinsk Afdeling Q inddraget i samarbejdet således, at alle patienter kommer til ambulant kontrol i Børneambulatoriet, mens voksne patienter indlægges på enestue på afdeling Q, og børn indlægges i Børn og Unge.

De fleste patienter diagnosticeres ved fødslen eller i løbet af de to første leveår og oveflyttes snarest til Cystisk Fibrose Center Skejby til evt. yderligere udredning, opstart af basisbehandling og information.
Her får familien kontakt til CF-teamet, som omfatter fysioterapeut, diætist, socialrådgiver, psykolog, sekretær, sygeplejersker og læger.
Herefter følges patienterne tæt ambulant efter behov, indtil de kan overgå til rutinekontrol.