På Aarhus Universitetshospital er grundforskning, klinisk forskning og klinisk udvikling tæt forbundet.

Konkret er forskningen organiseret inden for rammerne af Institut for Klinisk Medicin, der hører under Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet ved Aarhus Universitet.

Institut for Klinisk Medicin er integreret i universitetssygehusene ved, at kliniske professorer og kliniske lektorer ved instituttet også er ansat og fungerer som overlæger ved universitetssygehusene. Samtidig har de kliniske professorer fået uddelegeret det afdelingsmæssige ansvar for forskningen. Institut for Klinisk Medicin har desuden egne forskningslaboratorier beliggende på sygehusene.